Служил в Туркестанском военном округе командиром взвода, затем роты 56-й гвардейской отдельной десантно-штурмовой бригады.
С 1979 года находился в составе ограниченного контингента советских войск в Афганистане.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 28 апреля 1980 года "За мужество и героизм, проявленные при оказании интернациональной помощи Демократической Республике Афганистан, старшему лейтенанту Козлову Сергею Павловичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда"".
Это первый случай присвоения звания Героя военнослужащим советского контингента в Афганистане
После лечения в Ташкентском госпитале в 1981 году С. П. Козлов становится слушателем Военной Академии имени Фрунзе (район Хамовники)
Наряду с учёбой в академии офицер занимается общественно-партийной деятельностью. В центральных газетах — в "Комсомольской правде" и "Красной Звезде" появляются его заметки на тему военно-патриотического воспитания.
По окончании военной академии С. П. Козлов продолжил службу в Прикарпатском военном округе. Был военным комиссаром Винорадовского района Закарпатской области Украины, дослужился до звания полковника.
25 апреля 1993 года скончался от инфаркта (по данным военного корреспондента Владимира Снегирева - от проблем с алкоголем "слишком много было людей, которые обязательно хотели выпить с Героем Советского Союза"). Похоронен в городе Виноградове.
Член КПСС до августа 1991 г. В 1980-е членом ЦК ВЛКСМ.
Государственные награды:
Медаль "Золотая Звезда" Героя Советского Союза
орден Ленина
медали
Награждён ведомственными наградами Министества обороны СССР
Почётный гражданин города Калуги (1999, посмертно)
Память:
В Калуге одна из улиц названа в честь С. П. Козлова
