1995 год стал годом второго рождения монастыря. Ровно 20 лет назад Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и решением Священного Синода старейший в Москве женский монастырь был возобновлен. 25 ноября 2010 г., в год празднования 650-летнего юбилея Зачатьевского монастыря, состоялось историческое событие — Великое Освящение воссозданного монастырского собора и первая Божественная Литургия, которые возглавил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл. В 2015 год работы по возрождению и сохранению архитектурного ансамбля монастыря продолжаются. В этом году будет израсходовано 5 миллионов рублей на работы по укреплению и
ремонту фундамента и реставрацию цоколя. Запланировано восстановление надвратной церкви монастыря (XVII век).
